ბოლო წლები
1930 წელს ჯავახიშვილი დაუპირისპირდა ტროცკისტ მალაქია ტოროშელიძეს, საქართველოს მწერალთა კავშირის პრეზიდენტსა და განათლების სახალხო კომისარს, ამ უკანასკნელის მიერ ქართული ლიტარატურის კლასიკის აკრძალვის გამო. ლავრენტი ბერიას ძალაუფლებაში მოსვლის შემდეგ ეს აკრძალვა მოიხსნა და ჯავახიშვილმაც მცირე ხნით მხარდაჭერა მიიღო. მისი "არსენა მარაბდელი" ხელმეორედ გამოიცა, დაიდგა თეატრში და გამოვიდა ფილმად. თუმცა 1936 წელს "ქალის ტვირთის", სოცრეალისტური რომანის ადრეული ნიმუში, გამოქვეყნების შემდეგ ბოლშევიკ აქტივისტთა მწვავე კრიტიკას ვერ გაექცა.
ამ ნაწარმოებში აღწერილია რევოლუციონერი, თუმცა თავადის ქალი, ივდითი, რომლის საყვარელი, მიწისქვეშა ბოლშევიკი მუშა - ზურაბი, დაარწმუნებს მას მეფის ჟანდარმერ ავშაროვს გაჰყვეს ცოლად და მოკლას იგი. საბჭოთა იდეოლოგმა ვლადიმირ ერმოლოვმა რომანი დაგმო, ვინაიდან, მისი აზრით, ის ბოლშევიკებს ტერორისტებად ასახავდა რევოლუციამდელ საქართველოში. უფრო მეტიც, გაჩნდა ეჭვი, რომ ჯავახიშივლმა გააფრთხილა მწერალი გრიგოლ რობაქიძე მისი დაპატიმრების განკარგულების შესახებ და 1930 წელს გერმანიაში გაქცევაში დაეხმარა. საქმე კიდევ უფრო გართულდა 1936 წელს — მან ღიად შეაქო ფრანგი მწერალი ანდრე ჟიდი, რომლის "Retour de l’URSS" და მასში მოყვანილ ქართველ მწერალთა დახასიათება, ჟიდსა და ჯავახიშვილს ხალხის მტრების კვალიფიკაციას ანიჭებს.
1937 წლის 22 ივლისს მწერალთა კავშირის შენობაში პაოლო იაშვილმა თავი მოიკლა. კავშირის სხდომამ მიიღო რეზოლუცია, რომლითაც პოეტის საქციელი ანტისაბჭოთა პროვოკაციად შერაცხეს. ჯავახიშვილი ერთადერთი ადამიანი იყო, რომელმაც პოეტის გამბედაობას მხარი დაუჭირა. ოთხ დღეში, 26 ივლისს, კავშირის პრეზიდიუმმა კენჭის ყრით მიიღო გადაწყვეტილება: "მიხეილ ჯავახიშვილი, ჯაშუში და დივერსანტი, განდევნილ იქნას მწერალთა კავშირიდან და ფიზიკურად განადგურდეს". მისი მეგობრები და კოლეგები, მათ შორის ციხეში მყოფნიც, აიძულეს ეღიარებინათ ჯავახიშვილი, როგორც კონტრ-რევოლუციონერი ტერორისტი. მხოლოდ კრიტიკოსმა გერონტი ქიქოძემ დატოვა კავშირის სხდომა პროტესტის ნიშნად.
მწერალი 1937 წლის 14 აგვისტოს დააპატიმრეს და ბერიას თანდასწრებით წამების ქვეშ ხელი მოაწერინეს "აღიარებაზე". სასჯელი აღსასრულში მოიყვანეს დახვრეტით იმავე წლის 30 სექტემბერს. მწერლის არქივი განადგურდა, ხოლო მის ქონებას კონფისკაცია გაუკეთდა. მოგვიანებით მისი ძმაც დახვრიტეს, მეუღლე კი გადაასახლეს.
აღსანიშნავია, რომ ჯერ კიდევ 1917 წლიდან ჯავახიშვილი აქტიურად იყო ჩაბმული ეროვნულ მოძრაობაში. აღნიშნული წლიდან იგი იყო საქართველოს ეროვნულ-დემოკრატიული პარტიის ერთ-ერთი დამფუძნებელი წევრი და შედიოდა ამ პარტიის მთავარ კომიტეტში. საქართველოს დემოკრატიული რესპუბლიკის (1918-1921) ბოლშევიკური რუსეთის მიერ ოკუპაციისა და ფაქტობრივი ანექსიის (1921 წლის თებერვალი-მარტი) შემდეგ იყო საქართველოს ეროვნულ-განმათავისუფლებელი მოძრაობის თვალსაჩინო მოღვაწე: 1922-1924 წლებში იგი შედიოდა საქართველოს დამოუკიდებლობის კომიტეტში და აქტიურად მონაწილეობდა 1924 წლის აგვისტოს აჯანყების მომზადებაში.
ჯავახიშვილზე ცენზურა მხოლოდ 1950-იანი წლების ბოლოს მოიხსნა. რეაბილიტაციის შემდეგ კვლავ გამოიცა მისი ნაწარმოებები.